Historia kościoła parafialnego pw. św. Wojciecha w Borui Kościelnej sięga XVIII wieku. Od XVI wieku właścicielem miejscowości była rodzina Hammerów wyznania ewangelickiego.
Od zboru do kościoła
Pierwsi mieszkańcy gmin olenderskich, będący ewangelikami, zabiegali o własną świątynię. Na mocy synodu w Lesznie z 1775 roku powstała gmina protestancka Kościelna Kuźnica–Boruja. Kościół wzniesiono w latach 1776–1777 z muru pruskiego i pokryto gontem. W czerwcu 1777 roku zbór został poświęcony.
Miejscowość skupiała się wokół kościoła, dlatego zaczęto nazywać ją Borują Kościelną. Pierwotnie świątynia nie miała wieży. Dobudowano ją w 1900 roku, a w 1936 roku poświęcono i zawieszono nowe dzwony.
Powstanie parafii
Po wycofaniu się Niemców w styczniu 1945 roku świątynię uporządkowali nowi mieszkańcy. 11 maja 1945 roku została poświęcona i odprawiono w niej pierwsze nabożeństwo majowe. Parafię pw. św. Wojciecha erygowano 15 listopada 1948 roku, a jej pierwszym proboszczem został ks. Piotr Szczepański.
Rozbudowa i troska pokoleń
W latach 1955–1957 przebudowano świątynię, dobudowując prezbiterium i dwa ołtarze boczne. Ze starego kościoła zachowano wieżę oraz dach. Kolejni proboszczowie i parafianie podejmowali następne prace: wykonano polichromię, odnawiano kościół i plebanię, wzmacniano dach, remontowano wieżę i zegar oraz dbano o wyposażenie.
Do parafii należą: Boruja Kościelna, Szarki, część Cichej Góry, Boruja Nowa, Chojniki, część Kuźnicy Zbąskiej, część Woli Jabłońskiej i Aleksandrowo.